就业难、专业硕士扩招、文凭贬值，也将是民办教育面临的重大挑战。民办高校只有重视质量，在师资队伍、课程建设和培养模式上形成特色，才能求得生存和发展。
据报道，5所民办高校已通过教育部审批，获得2012年硕士研究生招生资格。这是中国民办高校首次参与研究生教育，标志着民办高校学历培养层次进一步提升，打破了过去研究生招生由公办高校、科研院所垄断的局面。
应当承认，我国民办高校从诞生起，地位和待遇就低于公办高校，目前我国有600多所民办院校，都是本科和专科层次，在某种程度上造成民办教育低人一等。
民办高校获得研究生培养资格，一方面表明部分民办高校的办学质量得到认可，另一方面体现了国家正在推进的教育公平。然而，更应清醒的是，民办高校的地位不是仅靠提升学历层次就能抬高的。
我国民办高校的研究生教育将面临三大挑战：
一是研究生规模持续扩大与就业难的挑战。这已是大多数公办高校的困惑，对民办院校而言尤甚。据全国教育事业发展统计公报，去年全国招收研究生53.82万人，在籍研究生153.84万人，毕业研究生38.36万人，规模的持续扩大伴随着就业形势日益严峻，引起社会关注，不少舆论呼吁停止扩大研招的步伐，重视质量建设。在此现实下，民办高校加入研究生培养队伍，远不像当初他们办本科教育那么简单。一些家长和学生就有疑虑，他们的质量有保障吗？就业前景如何？
二是专业硕士教育全新探索的挑战。根据教育部的规划，到2015年专业硕士和学术型硕士之比将达1比1。专业硕士教育迅猛发展衍生出很多问题：与学术硕士相比除了学制变化（基本上两年）、学费变化（学生自费，学费定价高）、地位变化（比学术型硕士地位低）、名称变化外，几乎没有其他变化，有的名校还招不满专业硕士，由此引发“花钱买硕士”“注水硕士”的质疑。目前北京城市学院获得了社会工作专业硕士招生资格，表明民办高校将更多地参与专业硕士的培养，那么这一挑战将格外沉重。
三是由追逐学历层次转变到提升办学质量的挑战。在我国公立高校的办学中，曾存在行政评价所导致的盲目追求“高大全”的现象，把很多精力用到申报硕士点、博士点上。民办高校如果重蹈覆辙，将给民办教育带来严重的负面影响。
以培养应用型人才定位的民办高校，能否走出一条独特的道路，在师资队伍、课程建设、培养模式上形成特色，直接关系到生存问题。不过，由于过去没有学术型研究生培养的羁绊，在全新的专业硕士教育领域，民办高校也是可以轻装上阵的，高起点、高标准打造自己的品牌，比如请名师、实行真正的双导师制，实现国际化，开展研究生培养的国际合作等。
随着高等教育大众化，学历文凭崇拜已经“贬值”，这对高等教育发展未尝不是好事，因此要求高校必须重视教育质量。民办高校的研究生教育只有坚持走质量、特色办学之路，才能为自己赢得发展空间，赢得地位。